Also Alphachannel is ja einfach nur Tranzparenz. Da wüsst ich jetzt nicht wo dein Problem ist. Du musst halt nur beim exportieren darauf achten, das die Tanzparenz beibehalten wird und das die richtige bit zahl eingestellt ist.
Wenn du bei Gimp "kopie speichern unter" oder "exportieren" machst dann auf speichern, dann kommt ein kleines Fenster wo die einstellungen drin sind. Einfach mal ausprobieren. So viele Einstellmöglichkeiten sind da ja nicht.